Maraming pagsubok na ang dinaanan ng IFI mula nang itatag noong Aug. 3, 1902. Hindi sila maihihiwalay at kalabisang masasabi na bunga ng 1896 revolution at 1899 revolution. Naging tahasan noon ang kanilang protesta sa pang-aabuso ng mga Spaniards. Inilahad sa taumbayan ang kanilang pagtutol sa mga mananakop.
Orihinal na naka-schedule ilunsad noong Aug. 2, 1902 at unang tinawag na Simbahang Malaya subalit dahil sa masamang panahon hindi ito natuloy. Kinabukasan August 3 sumilang ang IFI. Sa pagkakalunsad ng IFI, itinuring na isa ito sa malaking simbahan. One-third ng population ay yumakap sa IFI gayunman, ang pananakop ng mga Amerikano ay nagkaroon ng epekto para kumonti ang bilang ng mga miyembro. Sa ilalim ng American Imperialism, itinakda ng Supreme Court na ang lahat ng mga property: schools, cathedrals at lupa — ay kailangang ibalik ng IFI sa Roman Catholic Church. Binili pa ng mga Amerikano ang ilan sa mga simbahan at lalo pang naging dahilan para ma-down ang IFI.
Ang unang Obispo Maximo ng IFI ay si Monsignor Gregorio Aglipay. Sa panahon ng panunungkulan ni Aglipay nagkaroon ng katuparan ang paghihiwalay ng simbahan at bansa. Isa si Aglipay sa masisigasig na tagapagtaguyod ng paghihiwalay ng simbahan at bansa.
Ngayon sa pagdiriwang ng ika-100 anibersaryo ng IFI, nakatuon pa rin ang tingin ng mga kasalukuyang namumuno sa hinaharap at sa tagumpay na ninanais ng mga nagtatag. Ang kanilang layunin ay matupad ang pangarap. Ang kanilang tema ay may pamagat na "Bagong Siglo, Panibagong Sigla sa Paglilingkod sa Diyos at Bayan".
Sinabi ni Obispo Maximo Tomas A. Millamena, D.D. na maraming dahilan para ipagsaya ang pagdiriwang ng ika-100 taong pagkakatatag ng IFI. Marami tayong dapat ipagpasalamat sa mga biyayang ipinagkaloob ng Diyos. Sa kabila aniya ng mga mahihirap na pagsubok na dinaanan ay sumapit ang ika-100 taon ng pagkakatatag. Dapat aniya itong ipagdiwang, ayon pa kay Millamena. Magkaroon aniya tayo ng Panibagong Sigla sa paglilingkod sa Diyos at Bayan.
Mabuhay ang Iglesia Filipina Independiente!