Inaakusahan ng Central Employees Union ng DepEd si Roco ng paggamit sa pondo ng departamento sa paglilimbag ng may 200,000 posters na may larawan niya, pagkuha ng mga consultant at ang umano’y pag-arkila ni Roco ng helicopter sa pagbiyahe nito sa malalayong lalawigan.
Sa kanyang resignation letter, sinabi ni Roco na "walang basehan" ang akusasyon laban sa kanya at masama ang loob niya nang hindi man lamang siya hiningan ng paliwanag ng Palasyo.
Sinabi ni Roco na nabalitaan lamang niya sa media ang gagawing pagpapaimbestiga sa kanya dahil hindi umano siya personal na inabisuhan ng administrasyon.
Wala na rin umanong dahilan pa para ipagpatuloy pa niya ang panunungkulan bilang kalihim ng DepEd kung wala ng tiwala sa kanya ang Pangulo.
Nagtataka umano si Roco kung bakit noong araw, binalewala lamang ng Pangulo ang akusasyon ng unyon ngunit ngayon ay bigla na lamang iniutos sa Presidential Anti-Graft Commission ang imbestigasyon.
May mga haka-haka na ito ay dahil sa pangunguna sa popularidad ni Roco sa isang survey ng IBON Foundation.
Sa naturang survey, lumabas na pangalawa si dating Presidente Estrada at pumangatlo lamang si Pangulong Arroyo sa mga presidentiables kung gagawin ngayon ang halalan.
Tinuran ni Roco na sapul nang maupo siya bilang DepEd secretary noong Pebrero 14 ng nakaraang taon, gumanda ang imahe ng departamento at itinuring na "best performing agency" ng pamahalaan sa isang survey.
Si Roco ang ikatlong opisyal na nagbitiw sa Gabinete ng administrasyon matapos na mauna sina dating Transportation secretary Pantaleon Alvarez at Foreign Affairs secretary Teofisto Guingona.
Nakatakda itong suyuin ng Malacañang at makikipagpulong sa kanya ngayong araw na ito ang Pangulo para pag-usapan kung anuman ang gusot sa magkabilang panig.
Nilinaw ni Bunye na ang ginawang pagpapaimbestiga kay Roco sa PAGC ay isang regular na proseso lamang at hindi upang gipitin ang dating senador.
Ikinatwiran ni Bunye na ang pagsisiyasat kay Roco ay tulad din ng ginawang hakbang ng Malacañang sa kaso nina Justice Secretary Hernando Perez at Health Secretary Manuel Dayrit.
Kaugnay nito, itutuloy ng Presidential Anti-Graft Commission ang imbestigasyon nito sa inireklamong umano’y katiwalian ni Roco kahit na nagbitiw na ito sa puwesto kahapon.
Ipinaliwanag ni PAGC Commissioner Dario Rama na ang sinisiyasat ng komisyon ay ang aspetong administratibo ng reklamo laban kay Roco ng employee’s union ng DepEd na nagdaraos araw-araw ng kilos protesta laban kay Roco. (Ulat nina Joy cantos, Ely Saludar at Lilia Tolentino)