Si Misuari ay sakay ng C-130 Hercules planes na lumapag sa Fernando Air Base sa Lipa City, Batangas. Mula dito ay agad siyang inihatid sa Fort Sto. Domingo sa Laguna na siyang magsisilbi niyang piitan habang nililitis ang kanyang kaso.
Ilang minuto bago dumating si Misuari ay naunang dumating dakong 12:01 ng tanghali sa Villamor Air Base sa Pasay City ang anim nitong mga tauhan na kasama niyang naaresto sa Malaysia lulan ng F-27 Fokker plane ng Philippine Air Force (PAF).
Kinilala ang anim na naarestong renegade ni Misuari na sina Abu Harris Osman, Bakil Annay Harun, Johan Sawadjaan San Sanzibar, Akil Abduraham Abdur, Uddin Esguerra Ishmael, Gamar Bin Abd. Razak at Omar bin Abdullah.
Ang mga tinaguriang hardcore ni Misuari ay pawang nakaposas at ineskortan ng mga tauhan ng PNP Special Action Force patungo sa Metro Manila Rehabilitation Center sa Camp Ricardo Papa sa Bicutan, Taguig at isinailalim muna sa medical examination bago inihatid sa Camp Crame.
Sa ginanap na press briefing sa Camp Crame, sinabi ni PNP chief director Gen. Leandro Mendoza na sina Misuari ay sinundo sa Kota Kinabalu, Malaysia ng arresting team ng PNP.
Bandang alas-8 ng umaga kahapon nang pormal na isinalin ng Malaysian authorities sa mga opisyal ng PNP ang kustodiya ni Misuari at ng kanyang mga kasamahan.
Nabatid na nakatakda sanang lumapag ang eroplanong sinasakyan ni Misuari sa Villamor Air Base pero dahil sa banta sa seguridad ay nagpasya ang mga awtoridad na ilihis ito sa Lipa City.
Ayon kay DILG Sec. Joey Lina, mula umaga hanggang gabi ay papayagan na madalaw si Misuari ng kanyang mga pamilya, abogado, doktor, spiritual advisers at iba pang kaanak nito.
Mangyayari umano ang pagdalaw anim na beses sa isang linggo at papayagan din umano ang anumang dalaw kahit na anong oras kung ito ay mahalaga.
Tututukan din umano ang kalusugan ni Misuari bagamat nasa maayos naman itong kalagayan at ipatutupad din ang mahigpit na seguridad sa buong bisinidad ng detention cell sa Sta. Rosa, Laguna upang mailayo ito sa anumang tangka na itakas siya ng ilan niyang mga supporter.
Sinabi rin ng PNP na nakatakda nilang ilatag sa Department of Justice ang paglilipat ng venue para sa pagdinig sa kasong rebelyon laban dito at sa anim niyang mga tauhan kung saan mula sa Jolo, Sulu ay posibleng ilipat ang pagdinig malapit sa detention cell nito.
Inatasan na rin kahapon ni Pangulong Arroyo ang AFP at PNP na doblehin ang higpit ng seguridad kay Misuari.
Tiniyak ng Palasyo na bibigyan ito ng pagkakataon para sagutin ang mga kinakaharap na kaso sa korte.
Kumpiyansa naman ang Malacañang na hindi na manggugulo ang mga kaalyado at taga-suporta ni Misuari sa Mindanao. Nakontrol na umano ng militar ang mga tauhan ni Misuari kaya wala na itong puwersa upang maghasik ng kaguluhan.
Ang dating ARMM governor ay nahaharap sa kasong rebelyon dahil sa pagiging utak umano sa pag-atake sa headquarters ng 104th Brigade ng Phil. Army sa Jolo noong Nob. 19, 2001 na ikinamatay ng 113 katao.
Bukod dito ay nasangkot rin ang mga kaalyado nito sa pamumuno ng pamangking si Julhambri Misuari sa pag-atake at panghohostage nang may 110 sibilyan sa Cabatangan complex, Zamboanga City noong Nobyembre 27.
Sa kasalukuyan ay nagsasagawa na ng pagbusisi ang mga auditor ng pamahalaan sa ARMM para tukuyin kung saan napunta ang pondo. (Ulat nina Joy Cantos, Butch Quejada at ely Saludar)