Dito niya natutunan ang black art ng bomb-making at sabotage, pero umalis sa naturang grupo makaraang lumagda sa peace treaty ang MNLF noong 1996.
Nagtungo ng Saudi Arabia si Sabaya, pero hindi malinaw kung anong ginawa niya doon.
Bumalik si Sabaya sa Pilipinas noong 1999 at sumama kay Abdurajak Janjalani, founder ng Abu Sayyaf noong early 1990s.
Nang mapatay ng tropa ng pamahalaan si Abdurajak noong 1998 ay pinamunuan ng kanyang kapatid na si Khadafi Janjalani ang grupo at si Sabaya ang naging chief spokesman at pinaka-prominenteng lider ng Abu Sayyaf.
Napag-alaman na ang grupo ay pinondohan ni Saudi-born Osama bin Laden.
Sa ilang okasyon kapag nagpapakita ito sa press, si Sabaya ay larawan ng modern-day pirate. May bandana siya sa ulo, isang hikaw sa kaliwang taynga at itim na sunglasses na kanyang trademark.
Kamakailan ay nag-alok ang US ng $5 million reward para sa ikadarakip ni Sabaya at apat pang top leaders ng Sayyaf dahil sa May 27, 2001 kidnapping ng tatlong Amerikano.
Isa dito, si Guillermo Sobero ay pinugutan ng ulo bilang "independence day gift" kay Pangulong Arroyo, samantala si Martin Burnham ay napatay sa isang rescue operation at nakaligtas naman ang asawang si Gracia.