Nilisan ni Estrada at ng kanyang pamilya ang Malacañang ilang oras makaraang manumpa bilang bagong presidente ng bansa si Gloria Macapagal-Arroyo kahapon ng umaga.
Nag-iyakan ang maraming kagawad ng Malacañang habang papaalis ang grupo ni Estrada. Maayos na nagpaalaman sila ni Armed Forces of the Philippines Chief of Staff Gen. Angelo Reyes at Vice Chief of Staff Lt. Gen. Jose Calimlim.
Lumulan sa isang barge ng Philippine Navy na nakadaong sa gilid ng Pasig River sa Malacañang patungo sa kanilang bahay sa Greenhills, San Juan sina Estrada; dating Unang Ginang Dr. Luisa Ejercito-Estrada; mga anak na sina Jackie at manugang na si Beaver Lopez; at San Juan Mayor Jinggoy Estrada. Hindi rin mapigilan ng anak niyang si Joseph Victor Ejercito ang umiyak habang sinasamahan nito ang ama sa paglisan sa Malacañang.
Patuloy sa pagkaway si Estrada at ang kanyang maybahay sa mga nasa Malacañang kahit nakasakay na sila sa barge.
Sinabi ni Estrada sa isang inihandang pahayag na, bagaman may seryoso siyang kuwestyon sa ligalidad ng panunumpa ni Macapagal-Arroyo bilang kapalit niya sa puwesto, ipinasya niyang lisanin na ang Palasyo para maisulong na ang pagkakaisa at kaayusan ng lipunan.
Pinasalamatan niya ang mamamayan sa pagkakataong ipinagkaloob sa kanya para pamunuan ang bansa at hiniling niya sa kanyang mga tagasuporta na sumama sa kanya sa pagtataguyod ng mapanlikhang diwa ng pagkakaisa.
Naiiyak din ang mga sundalong miyembro ng Presidential Security Group nang mamaalam kay Estrada.
Naunang nilinaw ni Estrada na hindi pa siya nagbibitiw sa puwesto. Tiniyak niyang magbibitiw siya sa tungkulin sa Miyerkules, Enero 24. Binanggit niya na mananatili pa siya sa Presidential Residence bagaman hindi na ito naisakatuparan.
Sinabi pa ng dating Pangulo na, bagaman masama ang kanyang loob sa pagtalikod sa kanya nina Reyes at Philippine National Police Chief Director-General Panfilo Lacson, maayos naman siya. Labis siyang nahabag sa dating Unang Ginang dahil naubusan na ito ng luha. (Ulat ni Lilia Tolentino)