Ngayo’y may bago na namang lumulutang na isyu sa MILF at maaaring maging sagabal sa pagbubukas ng usapang pangkapayapaan. Iniuugnay ang MILF sa pagbibigay ng suporta sa Jemaah Islamiyah (JI). Noon pa lumaganap ang balita na kinukupkop ng MILF ang mga teroristang JI at maging ang Abu Sayyaf subalit mariin namang itinatanggi ito ng rebeldeng grupo. Hindi anila sila kumukupkop ng terorista. Ang ganitong pagtanggi ay madalas nang marinig sa MILF lalo na kapag nagkakaroon ng bombahan. Wala silang kinalaman at wala silang nalalaman.
Nang tumakas sa Camp Crame ang Indonesian terrorist na si Fathur Rohman Al-Ghozi, ang MILF umano ang kumupkop dito. Palipat-lipat umano si Al-Ghozi sa kampo ng MILF kaya hindi makita ng military. Napatay din si Al-Ghozi. Patuloy namang itinanggi ng MILF ang akusasyon na kumukupkop sila ng terorista.
Subalit nang mahuli ang second top-ranked leader ng JI dito sa Pilipinas na si Taufek Refke, inamin nito na talagang nagbibigay ng suporta ang MILF sa operasyon ng terrorist network sa Mindanao. Ang MILF umano ang nagpo-provide ng safehouses at ganoon din ng training facilities para sa mga bagong recruit.
Ang revelations ni Taufek ay nagpaguho sa lagi nang pagtanggi ng MILF na wala silang kinalaman sa mga terorista. Pero ang sabi ng MILF kamakalawa, handang silang tumulong sa paghuli sa may 40 teroristang nagtatago sa Mindanao. Handa rin daw nilang buksan ang kanilang walong base commands na nakakalat sa maraming lugar sa Mindanao at bisitahin ito ng military para makasiguro na wala silang training facilities.
Kung totoo sa loob ng MILF ang kanilang sinabi, ipakita nila sa gawa. Itakwil nila ang mga terorista. Basagin nila ang grupong Jemaah Islamiyah para maipakita sa taumbayan na sila ay may pagmamahal sa kapayapaan at hindi kailanman tumatangkilik ng mga "uhaw sa dugong" terorista.