Noong nakaraang Mayo 2001 hinirang si Cruz bilang LRTA administrator. Sa kanyang panunungkulan ay marami siyang isinulong na programang pangkaunlaran. Masasabing man with a vision si Cruz na kamakailan lamang ay pinarangalan ng Dr. Jose Rizal Memorial Award for government and public service.
Sinabi niya na ang Phase One (from Santolan, Pasig to Cubao, QC) ng LRT 2 ay magiging operational sa April 1, 2003. Ito’y maisasakatuparan dahil sa pagkakaresolba ng maraming major right of way problems. Ang automated fare collection system na pumalit sa token system ay kanyang ipinatupad noong Setyembre. Ito’y ahead of schedule. Sa bagong sistemang ito nalutas ang suliranin sa mga sindikatong nagbebenta ng tokens at ang hakbang na ito ay nagpadagdag ng LRTA revenues. Malaki rin ang improvement ng LRT mula Baclaran hanggang Monumento. Sabi niya mga makabagong air conditioning units ang inilalagay sa mga car trains at sisimulan na ring gawin ang karagdagang 12 airconditioned four car trains.
Para mas lalong mapangalagaan ang kaligtasan ng mga pasahero ng LRT binigyang-diin niya ang pagpapatupad ng strict security measures sa bawat train at station. Sinabi niya na hindi na muling magaganap ang trahedya gaya ng malagim na Dec. 30, 2001 bombing na pumatay nang maraming tao.
Ayon pa kay LRTA Administrator, Atty. Teddy Cruz Jr., sisimulan sa darating na taon ang konstruksyon ng LRT 1 extension mula Baclaran hanggang Bacoor, Cavite.