Ayon sa obispo, hindi niya nais na maapektuhan ang awtonomiya ng Catholic Bishops Conference of the Philippines (CBCP) na nagsasagawa ng paninindigan sa mga isyung panlipunan at pampulitika. Makakaapekto rin anya ito sa kanyang gawain sa simbahan sa Batanes.
Ikinalungkot naman ng Malacañang ang naging desisyon ni Bishop Gregorio. Kasabay nito, agad namang hinirang ni Pangulong Arroyo si Butuan, Agusan del Norte Bishop Juan de Dios Pueblos bilang kapalit.
Si Bishop Gregorio ay isa sa binuong 5-kataong probe body na naatasang magsiyasat sa mga extra-judicial killings sa bansa. Pinamumunuan ito ni dating SC Justice Jose Melo kasama sina NBI Director Nestor Mantaring, Chief State Prosecutor Jovencito Zuno at Nelia Teodoro-Gonzales. (Lilia Tolentino)