Sinabi ni PTA general manager Robert Dean Barbers na naging pangunahing problema na ng Boracay ang pagbabaha sa mga mababang lugar sa isla. Resulta umano ito sa hindi pagtalima ng mga negosyante sa "building code" at mga ordinansa sa pagtatayo ng mga hotel at mga resort.
Sinasabing malapit na umanong maging kritikal ang sitwasyon ng pagbabaha sa Boracay kung saan malaking bahagi ng isla ang maaaring maging bahagi ng dagat kung hindi agad maaksyunan ang sistema sa drainage.
Nabatid na ibinigay ni Pangulong Arroyo sa PTA ang pamamahala sa Boracay sa bisa ng Memorandum Order no.214 at Presidential Decree no.564.
Sa ilalim ng naturang mga kautusan, pamamahalaan ng PTA ang regulasyon ng mga gusali, kalidad ng mga hotel at resort at pagdedevelop ng mga "historical, cultural at natural assets" ng Boracay.
Bukod sa pagbabaha, ilan pang pangunahing problema na lulutasin ng PTA ang unti-unting pagdumi ng tubig sa karagatan, prostitusyon, at tambak na mga basura sa ilang bahagi ng isla. (Danilo Garcia)